Para llevar acabo la implantación tuvieron que cotejar tres bases de datos –la sanitaria andaluza, la Seguridad Social y Hacienda–, lo que ha provocado «discordancias y errores que afectaron durante los primeros días; hubo personas que tenían que abonar una cantidad que no se correspondía con su situación».
A este problema hay que añadir la cantidad de información que maneja el programa utilizado por las farmacias, que se ha visto aumentada debido al crecimiento de las recetas electrónicas, que llegan al 90%, superando ampliamente a las de papel. Esta situación provocó que el sistema del SAS se «colgase» en varias ocasiones perjudicando a trabajadores y ciudadanos que no pudieron adquirir el fármaco al instante. Sin embargo, los andaluces ya pueden reclamar los fármacos con el número de historial sanitario, siempre y cuando no se posea la tarjeta sanitaria. Esta alternativa ha motivado que el mes de agosto no sea tan problemático como se temía según el colectivo.